A lo largo de los siglos S.XV y XVI abundaron los enfrentamientos entre la ciudad de Alcaraz y las poblaciones de santiaguistas de ambas encomiendas.

A partir de aquella fecha Alcaraz vio como poco a poco disminuía su termino , y así en los siglos XV y XVI se independizaban de Alcaraz las Villas de Villarobledo (20/8/1476) , Peñas de San Pedro (24/31/1537) , El Bonillo (12/2/1538) , Munera (22/1/1548) , Lezuza (21/3/1553),Barax (20/9/15649 y Auyna (22/9/1565).

Ayna solicita el privilegio de Villazgo en 1562 junto con las aldeas de Elche de la Sierra y Morote.El 22 de septiembre de 1565, en el sitio y bosque de Segovia ,el Rey Felipe II concede a Ayna el privilegio de Villazgo.Este queda constituido como municipio independiente y Elche de la Sierra como aldea de Ayna.En total el termino municipal de Ayna tenia 2.225 hab. Y una extensión de 14.603 hectáreas.

En 1570 se inaugura la 1ª iglesia de Elche de la Sierra situada en el mismo sitio que la actual.En el aspecto religioso Elche de la Sierra fue lugar de Ayna originariamente.

En 1590, se hallan inscripciones y libros de archivo independientes de la iglesia matriz de Ayna,y las partidas se hallan encabezadas con la denominación de Elche de la sierra en lugar de Ayna.En esta fecha empieza el archivo parroquial,que hoy en día se conserva completo.Tan solo el 16 de noviembre de 1610 empieza a aparecer “en la iglesia parroquial de Elche de la Sierra, lugar de Ayna...”por lo que se supone filial de Ayna.